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gi|134133319:277-1662 Homo sapiens nuclear receptor subfamily 1, group H, member
2 (NR1H2), mRNA
With 270 enzymes: *
June 29, 2010 22:31 ..
CviKI-1
PspGI
StyD4I
BbvCI |
BstNI Bpu10I |
ScrFI NlaIV | |
BsaJI | BstNI BmgT120I| | |
PspGI | ScrFI CviKI-1| | |
StyD4I | BslI| HaeIII| | |
BssSI BciVI | | PspGI|| Sau96I|| | |
MnlI XcmI | | StyD4I|| BslI ||| DdeI |
| | | | ||| | ||| | |
ATGTCCTCTCCTACCACGAGTTCCCTGGATACCCCCCTGCCTGGAAATGGCCCCCCTCAG
1 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 60
TACAGGAGAGGATGGTGCTCAAGGGACCTATGGGGGGACGGACCTTTACCGGGGGGAGTC
a M S S P T T S S L D T P L P G N G P P Q -
b C P L L P R V P W I P P C L E M A P L S -
c V L S Y H E F P G Y P P A W K W P P S A -
NciI
ScrFI
SmaI
BmeT110I|
BsaJI|
HpaII|
NciI|
ScrFI|
AvaI||
BsaJI||
BslI||
StyD4I||
XmaI||
BmgT120I|||
CviKI-1|||
HaeIII|||
StyD4I|||
HphI Sau96I||||
BseMII| BsaJI |||||
BspCNI|| BseRI |||||
BbeI||| BtgI |||||
HaeII||| CviKI-1| |||||
MboII||| NlaIV|| |||||
HhaI|||| HpaII ||| |||||
GlaI||||| Hpy188III ||| |||||
NlaIV||||| BsaWI| ||| |||||
SfoI||||| BspEI| ||| |||||
BsaHI|||||| BmgT120I|| ||| |||||
HinP1I|||||| NlaIV|| ||| |||||
MboII|||||| AvaII||| ||| |||||
MnlI|||||| Sau96I||| ||| |||||
NarI|||||| TaqII |||| ||| |||||
BanI||||||| BceAI | |||| ||| |||||
KasI||||||| MnlI | | |||| ||| |||||
BstNI |||||||| TspRI | | |||| ||| |||||
ScrFI |||||||| HpyCH4III | | | |||| ||| |||||
BslI| |||||||| HpyAV MnlI | | | |||| ||| |||||
|| |||||||| | | | | | |||| ||| |||||
CCTGGCGCCCCTTCTTCTTCACCCACTGTAAAGGAGGAGGGTCCGGAGCCGTGGCCCGGG
61 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 120
GGACCGCGGGGAAGAAGAAGTGGGTGACATTTCCTCCTCCCAGGCCTCGGCACCGGGCCC
a P G A P S S S P T V K E E G P E P W P G -
b L A P L L L H P L * R R R V R S R G P G -
c W R P F F F T H C K G G G S G A V A R G -
BbvI
Tth111I|
BplI ||
BseMII| ||
BspCNI|| ||
BlsI ||| ||
FokI ||| ||
PstI ||| ||
BisI| ||| ||
Fnu4HI| ||| ||
GluI| ||| ||
HpyCH4V|| ||| ||
TseI|| ||| ||
Cac8I ||| ||| ||
NlaIV SfcI ||| ||| ||
BmgT120I| MwoI| ||| ||| ||
AvaII|| CviKI-1|| ||| ||| ||
Sau96I|| MwoI ||| ||| ||| ||
HpaII ||| SetI ||| ||| ||| ||
Hpy188III ||| BlpI| ||| ||| ||| ||
BsaWI| ||| DdeI| ||| ||| ||| ||
BspEI| ||| BstNI AluI|| ||| ||| ||| ||
BmgT120I|| ||| ScrFI CviKI-1|| ||| ||| ||| ||
NlaIV|| ||| BsaJI | Cac8I ||| ||| ||| ||| ||
AvaII||| ||| PspGI | CviKI-1 | ||| ||| ||| ||| ||
BsmFI||| ||| StyD4I |AlwNI HaeIII | ||| ||| ||| ||| ||
Sau96I||| ||| DrdI | |MnlI|TspRI | | ||| ||| ||| ||| ||
|||| ||| | | | || | | | ||| ||| ||| ||| ||
GGTCCGGACCCTGATGTCCCAGGCACTGATGAGGCCAGCTCAGCCTGCAGCACAGACTGG
121 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 180
CCAGGCCTGGGACTACAGGGTCCGTGACTACTCCGGTCGAGTCGGACGTCGTGTCTGACC
a G P D P D V P G T D E A S S A C S T D W -
b V R T L M S Q A L M R P A Q P A A Q T G -
c S G P * C P R H * * G Q L S L Q H R L G -
CviKI-1
GsaI
SfaNI |
ApaI| |
BanII| |
Bme1580I| |
Hpy188III Bsp1286I| |
BstKTI| BseYI|| |
MnlI| BmgT120I||| |
DpnI|| CviKI-1||| |
EarI|| HpyAV HaeIII||| |
BstYI ||| Cac8I | NlaIV||| |
MboI ||| HhaI | | BmgT120I|||| |
BmrI | ||| GlaI| | | Sau96I|||| |
AlwI | | ||| HinP1I|| | | EcoO109I||||| |
BtsCI | | | ||| MboII ||| | | PspOMI||||| |
BsrI| | | | ||| NlaIV | ||| | | Sau96I||||| | CspCI
|| | | | ||| | | ||| | | |||||| | |
GTCATCCCAGATCCCGAAGAGGAACCAGAGCGCAAGCGAAAGAAGGGCCCAGCCCCGAAG
181 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 240
CAGTAGGGTCTAGGGCTTCTCCTTGGTCTCGCGTTCGCTTTCTTCCCGGGTCGGGGCTTC
a V I P D P E E E P E R K R K K G P A P K -
b S S Q I P K R N Q S A S E R R A Q P R R -
c H P R S R R G T R A Q A K E G P S P E D -
SetI
AluI |
CviKI-1 |
BssSI | |
MboII| | |
CviKI-1|| | |
HaeIII|| | | CviKI-1
BmgT120I||| | | BsmFI| HpyCH4IV
GsaI||| | | HpaII || Hin4I |
Sau96I|||| | | CviKI-1 | || BbvI | |
BceAI||||| | | BsaXI HaeIII | || BsaXI | |
BseYI |||||| | | Hin4I CspCI StuI | ||MnlI | | |
| |||||| | | | | | | || | | | |
ATGCTGGGCCACGAGCTTTGCCGTGTCTGTGGGGACAAGGCCTCCGGCTTCCACTACAAC
241 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 300
TACGACCCGGTGCTCGAAACGGCACAGACACCCCTGTTCCGGAGGCCGAAGGTGATGTTG
a M L G H E L C R V C G D K A S G F H Y N -
b C W A T S F A V S V G T R P P A S T T T -
c A G P R A L P C L W G Q G L R L P L Q R -
BlsI
SetI
BisI|
Fnu4HI|
GluI| CviKI-1
AluI|| MwoI |
CviKI-1|| MboII | |
MspA1I|| HpyCH4V| | |
PvuII|| BlsI|| | | BstNI
TseI|| BisI||| | | ScrFI
HpyAV||| BseMII||| | | BsaJI CviKI-1 |
BsiHKAI |||| Fnu4HI||| | | BtgI HaeIII |
Bsp1286I |||| GluI||| | | BmgT120I | PspGI |
BbvI| |||| BspCNI|||| | | HhaI AvaII| | StyD4I |
BlpI| ||||CviKI-1|||| | | GlaI| BtsI| | BmgT120I| |
DdeI| |||| MwoI|||| | | TspGWI| FalI| | NlaIV| |
SetI || |||| TseI|||| | | HinP1I|| Sau96I| | Sau96I|| |
TaiI || ||||MwoI ||||| | | HpaII ||| TspRI| | BslI ||| |
| || |||| | ||||| | | | ||| || | | ||| |
GTGCTCAGCTGCGAAGGCTGCAAGGGCTTCTTCCGGCGCAGTGTGGTCCGTGGTGGGGCC
301 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 360
CACGAGTCGACGCTTCCGACGTTCCCGAAGAAGGCCGCGTCACACCAGGCACCACCCCGG
a V L S C E G C K G F F R R S V V R G G A -
b C S A A K A A R A S S G A V W S V V G P -
c A Q L R R L Q G L L P A Q C G P W W G Q -
HhaI
GlaI|
HinP1I||
EciI TauI||
BspMI| BlsI|||
TspDTI|| BisI||||
NciI SetI ||| Fnu4HI||||
ScrFI BccI| ||| GluI||||
BsaJI| MwoI|| ||| AciI|||||
HaeII HpaII| NlaIV ||| ||| NlaIII|||||
HhaI| StyD4I|| AciI | ||| ||| HgaI ||||||
GlaI|| Cac8I |||BglI | | ||| ||| CviAII| ||||||
HinP1I||| MwoI| |||MwoI | | ||| ||| FatI|| ||||||
|||| || ||| | | | ||| ||| ||| ||||||
AGGCGCTATGCCTGCCGGGGTGGCGGAACCTGCCAGATGGACGCTTTCATGCGGCGCAAG
361 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 420
TCCGCGATACGGACGGCCCCACCGCCTTGGACGGTCTACCTGCGAAAGTACGCCGCGTTC
a R R Y A C R G G G T C Q M D A F M R R K -
b G A M P A G V A E P A R W T L S C G A S -
c A L C L P G W R N L P D G R F H A A Q V -
HpyCH4V
HhaI |
FspI| |
GlaI| |
HinP1I|| |
BlsI||| |
MwoI||| |
BisI|||| |
Fnu4HI|||| |
GluI|||| |
CviKI-1||||| |
TseI||||| |
BtsI |||||| |
Cac8I |||||| |
NaeI |||||| |
TspRI |||||| |
HpaII| |||||| |
MwoI| |||||| |
BsrFI|| |||||| | BtsI
Cac8I NgoMIV|| |||||| | BtsCI TspRI
BbvI |MwoI ||| ||||||MnlI | MnlI HgaI | FokI |
| | | ||| |||||| | | | | | | |
TGCCAGCAGTGCCGGCTGCGCAAGTGCAAGGAGGCAGGGATGAGGGAGCAGTGCGTCCTT
421 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 480
ACGGTCGTCACGGCCGACGCGTTCACGTTCCTCCGTCCCTACTCCCTCGTCACGCAGGAA
a C Q Q C R L R K C K E A G M R E Q C V L -
b A S S A G C A S A R R Q G * G S S A S F -
c P A V P A A Q V Q G G R D E G A V R P F -
BlsI
BisI|
Fnu4HI|
GluI|
TseI||
MboII BsaXI |||
HpaII| Hin4I |||
Hpy188III| MboII | ||| MlyI
BsaWI|| MboII | | ||| PleI|
BspEI|| Hpy188I| | | ||| HpyCH4III||
BstKTI|| MboII || | | ||| MaeIII||
DpnI||| HinfI | || | | ||| Tsp45I||
BstYI |||| TfiI | || | | |||MaeIII |||
AlwI | |||| AcuI | | || | | |||Tsp45I |||
Hpy188I | MboI ||||Eco57MI | | || | | |||HinfI|BbvI |||
| | | |||| | | | || | | ||| || | |||
TCTGAAGAACAGATCCGGAAGAAGAAGATTCGGAAACAACAGCAGCAGGAGTCACAGTCA
481 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 540
AGACTTCTTGTCTAGGCCTTCTTCTTCTAAGCCTTTGTTGTCGTCGTCCTCAGTGTCAGT
a S E E Q I R K K K I R K Q Q Q Q E S Q S -
b L K N R S G R R R F G N N S S R S H S H -
c * R T D P E E E D S E T T A A G V T V T -
CviKI-1
MnlI |
BseMII| |
BstNI| |
ScrFI| |
BsaJI|| |
BspCNI|| |
CviKI-1||| |
HaeIII||| |
PspGI||| |
StyD4I||| |
BmgT120I|||| |
Sau96I||||| |
BbvI |||||| |
AlwNI| |||||| |
BbvI || |||||| |
CviKI-1| || |||||| |
BbvI || || |||||| |
SetI| || || |||||| |
BlpI|| || || |||||| |
DdeI|| || || |||||| |
TauI AluI||| || || |||||| |
BlsI| CviKI-1||| || || |||||| |
AciI|| BlsI|||| || || |||||| |
BisI|| BisI||||| || || |||||| |
Fnu4HI|| Fnu4HI||||| || || |||||| |
GluI|| GluI||||| || || |||||| |
CviKI-1||| MwoI|||||| || || |||||| |
HaeIII||| TseI|||||| || || |||||| |
BmgT120I|||| BlsI||||||| || || |||||| |
NlaIV|||| BisI|||||||| || || |||||| |
Sau96I||||| Fnu4HI|||||||| || || |||||| |
SetI |||||| GluI|||||||| || || |||||| |
Hin4I | |||||| TseI||||||||| || || |||||| |
BsaXI | | |||||| BlsI|||||||||| || || |||||| |
MaeIII | | | |||||| BisI||||||||||| || || |||||| |
Tsp45I | | | ||||||Fnu4HI||||||||||| || || |||||| |
HphI | | | | |||||| GluI||||||||||| || || |||||| |
HpyCH4III | | | | |||||| TseI|||||||||||| || || |||||| |
| | | | | |||||| ||||||||||||| || || |||||| |
CAGTCGCAGTCACCTGTGGGGCCGCAGGGCAGCAGCAGCTCAGCCTCTGGGCCTGGGGCT
541 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 600
GTCAGCGTCAGTGGACACCCCGGCGTCCCGTCGTCGTCGAGTCGGAGACCCGGACCCCGA
a Q S Q S P V G P Q G S S S S A S G P G A -
b S R S H L W G R R A A A A Q P L G L G L -
c V A V T C G A A G Q Q Q L S L W A W G F -
MnlI
NciI |
ScrFI |
BbvI| |
BsaJI| |
HpaII| |
BanII|| |
Bsp1286I|| |
HpyAV|| |
StyD4I|| |
NlaIV||| |
CviKI-1|||| |
MwoI ||||| |
BstNI| ||||| |
ScrFI| ||||| |
BsaJI|| ||||| |
CviKI-1||| ||||| |
PspGI||| ||||| |
StyD4I||| ||||| |
BlsI|||| ||||| |
BisI||||| ||||| |
Fnu4HI||||| ||||| |
GluI||||| ||||| |
TseI|||||| ||||| |
Cac8I ||||||| ||||| |
AlwI | ||||||| ||||| |
Hpy188I | | ||||||| ||||| |
DdeI| | | ||||||| ||||| |
BstKTI|| | | ||||||| ||||| |
DpnI||| | | ||||||| ||||| |
BstYI |||| | | ||||||| ||||| |
MboI |||| | | ||||||| ||||| |
MnlI| |||| | | ||||||| ||||| |
BspCNI || |||| | | ||||||| ||||| |
BseMII| || |||| | | ||||||| ||||| |
BstNI| || |||| | | ||||||| ||||| |
ScrFI| || |||| | | ||||||| ||||| | SetI
BsaJI || || |||| | | ||||||| ||||| | AluI |
PspGI || || |||| | | ||||||| ||||| | CviKI-1 |
StyD4I || || |||| | | ||||||| ||||| | BpuEI | |
| || || |||| | | ||||||| ||||| | | | |
TCCCCTGGTGGATCTGAGGCAGGCAGCCAGGGCTCCGGGGAAGGCGAGGGTGTCCAGCTA
601 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 660
AGGGGACCACCTAGACTCCGTCCGTCGGTCCCGAGGCCCCTTCCGCTCCCACAGGTCGAT
a S P G G S E A G S Q G S G E G E G V Q L -
b P L V D L R Q A A R A P G K A R V S S * -
c P W W I * G R Q P G L R G R R G C P A N -
Hpy188III BmgT120I
SmlI | CviKI-1
CviKI-1| | HaeIII
TauI| | TauI
BlsI|| | BlsI| BtsI
AloI||| | Sau96I| TspRI
BisI||| | BisI|| HpyCH4V |
Fnu4HI||| | Fnu4HI|| PstI | |
GluI||| | BstKTI GluI|| HpyCH4V | | |
AciI|||| | DpnI| BslI AciI||| BsaXI | | | |
MspA1I|||| | AlwI MboI || PflMI AloI||| SfcI | | | |MwoI
||||| | | | || | |||| | | | | | |
ACAGCGGCTCAAGAACTAATGATCCAGCAGTTGGTGGCGGCCCAACTGCAGTGCAACAAA
661 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 720
TGTCGCCGAGTTCTTGATTACTAGGTCGTCAACCACCGCCGGGTTGACGTCACGTTGTTT
a T A A Q E L M I Q Q L V A A Q L Q C N K -
b Q R L K N * * S S S W W R P N C S A T N -
c S G S R T N D P A V G G G P T A V Q Q T -
BmrI
HhaI |
GlaI| |
HinP1I|| |
BsmFI ||| |
BstNI | ||| |
Hin4I | ||| |
ScrFI | ||| |
BsaJI| | ||| |
PasI| | ||| |
BsaJI|| | ||| |
PspGI|| | ||| |
StyD4I|| | ||| |
NlaIV||| | ||| |
BmgT120I|||| | ||| |
CviKI-1|||| | ||| |
HaeIII|||| | ||| |
MmeI||||| | ||| |
Sau96I||||| | ||| | BmeT110I
BstNI |||||| | ||| | AvaI|
CviKI-1 ScrFI |||||| | ||| | Hpy188III|
BsaXI | BsaJI | |||||| | ||| | AhdI ||
HpyAV| |MaeIII PspGI | |||||| | ||| | BsrI ||
Hpy188I || |Tsp45I StyD4I | |||||| | ||| | SfaNI ||
| || | | | | |||||| | ||| | | ||
CGCTCCTTCTCCGACCAGCCCAAAGTCACGCCCTGGCCCCTGGGCGCAGACCCCCAGTCC
721 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 780
GCGAGGAAGAGGCTGGTCGGGTTTCAGTGCGGGACCGGGGACCCGCGTCTGGGGGTCAGG
a R S F S D Q P K V T P W P L G A D P Q S -
b A P S P T S P K S R P G P W A Q T P S P -
c L L L R P A Q S H A L A P G R R P P V P -
CviKI-1
HaeIII BstNI
MscI ScrFI
MwoI Cac8I | PfoI |
FauI| EaeI | PspGI |
Cac8I || SetI | StyD4I |
Hin4I| || AluI | | BccI | |
AciI || || CviKI-1 | | DdeI| | |
Cac8I || || BslI AlfI| | |TspGWI || | |
| || || | || | | | || | |
CGAGATGCCCGCCAGCAACGCTTTGCCCACTTCACGGAGCTGGCCATCATCTCAGTCCAG
781 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 840
GCTCTACGGGCGGTCGTTGCGAAACGGGTGAAGTGCCTCGACCGGTAGTAGAGTCAGGTC
a R D A R Q Q R F A H F T E L A I I S V Q -
b E M P A S N A L P T S R S W P S S Q S R -
c R C P P A T L C P L H G A G H H L S P G -
BmgT120I
AvaII|
Sau96I|
BbvI ||
NciI | ||
ScrFI | ||
HpaII| | ||
CviKI-1|| | ||
HaeIII|| | ||
StyD4I|| | ||
BmgT120I||| | ||
GsaI||| | ||
MnlI|||| | ||
Sau96I|||| | ||
SetI||||| | ||
AluI |||||| | ||
BseYI |||||| | ||
BslI |||||| | ||
CviKI-1 |||||| | ||
MspA1I |||||| | ||
PvuII |||||| | ||
BlsI| |||||| | ||
PstI| |||||| | ||
Hpy166II BisI|| |||||| | ||
BseMII | Fnu4HI|| |||||| | ||
BstKTI | BstNI GluI|| |||||| | ||
BspCNI| | ScrFI HpyCH4V||| |||||| | ||
DpnI| | BlpI PspGI | TseI||| |||||| | ||
MboI || | DdeI StyD4I | SfcI |||| |||||| | ||MboI
| || | | | | | |||| |||||| | || |
GAGATCGTGGACTTCGCTAAGCAAGTGCCTGGTTTCCTGCAGCTGGGCCGGGAGGACCAG
841 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 900
CTCTAGCACCTGAAGCGATTCGTTCACGGACCAAAGGACGTCGACCCGGCCCTCCTGGTC
a E I V D F A K Q V P G F L Q L G R E D Q -
b R S W T S L S K C L V S C S W A G R T R -
c D R G L R * A S A W F P A A G P G G P D -
BfaI
BlsI |
BisI| |
BsmAI| |
Fnu4HI| |
GluI| |
NlaIII|| |
TseI|| |
CviAII ||| |
BstKTI| ||| |
FatI| ||| | HaeII
BtsCI AcuI|| ||| | HhaI|
BslI | DpnI|| ||| | GlaI||
EcoNI | | Eco57MI|| ||| | HinP1I|||
Hpy188III| | | MboI ||| ||| | BstNI ||||
HpyAV || | | Hpy188III | ||| ||| | ScrFI ||||
FokI | || | | TaqI| | ||| ||| | CviKI-1 | ||||
BstKTI| | || | | SfaNI|| | ||| ||| | PspGI | ||||
DpnI|| | || |MnlI BbvI ||| | ||| ||| | StyD4I | ||||
||| | || | | | ||| | ||| ||| | | | ||||
ATCGCCCTCCTGAAGGCATCCACTATCGAGATCATGCTGCTAGAGACAGCCAGGCGCTAC
901 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 960
TAGCGGGAGGACTTCCGTAGGTGATAGCTCTAGTACGACGATCTCTGTCGGTCCGCGATG
a I A L L K A S T I E I M L L E T A R R Y -
b S P S * R H P L S R S C C * R Q P G A T -
c R P P E G I H Y R D H A A R D S Q A L Q -
XmnI
HpyAV|
HphI ||
Hpy188III | ||
BssSI SetI | | || SetI
BsmAI | HphI HpyAV| | | || SfcI| BdaI
| | | || | | || || |
AACCACGAGACAGAGTGTATCACCTTCTTGAAGGACTTCACCTACAGCAAGGACGACTTC
961 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1020
TTGGTGCTCTGTCTCACATAGTGGAAGAACTTCCTGAAGTGGATGTCGTTCCTGCTGAAG
a N H E T E C I T F L K D F T Y S K D D F -
b T T R Q S V S P S * R T S P T A R T T S -
c P R D R V Y H L L E G L H L Q Q G R L P -
SetI
BslI |
PstI| |
SbfI| |
HpyCH4V || |
TspDTI || | AciI
Cac8I | || | NlaIII
SfcI | || | CviAII |
FalI| | || | MwoI |
CviKI-1|| | || | FatI| |
HaeIII|| | || | CviKI-1|| |
StuI|| | || | HaeIII|| |
Cac8I ||| | || | BmgT120I||| |
HpyCH4V | ||| | || | Cac8I|||| |
AarI| | ||| | || | FauI Sau96I|||| |
BspMI| | ||| | || | MboII BccI| AciI ||||| |
HpyCH4III || | ||| | || | BsgI | TaqI || BstUI ||||| |
| || | ||| | || | | | | || | ||||| |
CACCGTGCAGGCCTGCAGGTGGAGTTCATCAACCCCATCTTCGAGTTCTCGCGGGCCATG
1021 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1080
GTGGCACGTCCGGACGTCCACCTCAAGTAGTTGGGGTAGAAGCTCAAGAGCGCCCGGTAC
a H R A G L Q V E F I N P I F E F S R A M -
b T V Q A C R W S S S T P S S S S R G P C -
c P C R P A G G V H Q P H L R V L A G H A -
BspCNI
BseMII|
BstNI||
ScrFI||
CviKI-1 |||
HaeIII |||
PspGI |||
StyD4I |||
BmgT120I| |||
GsaI| |||
Sau96I|| |||
BseYI ||| |||
CviKI-1 ||| |||
TauI ||| |||
BlsI| ||| |||
BisI|| ||| |||
Fnu4HI|| ||| |||
GluI|| ||| |||
AciI||| ||| |||
TauI||| ||| ||| HgaI
XcmI||| ||| ||| MwoI
BlsI|||| ||| ||| RsaI
BslI|||| ||| ||| CviQI|
BisI||||| ||| ||| BtgZI ||
Fnu4HI||||| ||| ||| DdeI| || EaeI
GluI||||| ||| ||| Hpy99I|| || NmeAIII MboII BccI EagI
|||||| ||| ||| ||| || | | | |
CGGCGGCTGGGCCTGGACGACGCTGAGTACGCCCTGCTCATCGCCATCAACATCTTCTCG
1081 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1140
GCCGCCGACCCGGACCTGCTGCGACTCATGCGGGACGAGTAGCGGTAGTTGTAGAAGAGC
a R R L G L D D A E Y A L L I A I N I F S -
b G G W A W T T L S T P C S S P S T S S R -
c A A G P G R R * V R P A H R H Q H L L G -
BstUI
TauI
BlsI|
AciI||
BisI||
Fnu4HI||
GluI||
MnlI||
CviKI-1|||
HaeIII|||
BmgT120I||||
Sau96I||||| BbvI
NciI|||||| SetI|
ScrFI|||||| TaiI|
HpaII||||||| BbvI ||
CviKI-1|||||||| BsaAI ||
HpyCH4V ||||||||| HpyCH4IV| ||
SetI| ||||||||| MnlI || ||
TaiI| ||||||||| BbvI| || ||
MwoI || ||||||||| CviKI-1 || || ||
HpyCH4IV| || ||||||||| BlsI| || || ||
BmgT120I || || ||||||||| BisI|| || || ||
CviKI-1 || || ||||||||| Fnu4HI|| || || ||
HaeIII || || ||||||||| GluI|| || || ||
Sau96I| || || ||||||||| TseI||| || || ||
BsiEI || || || ||||||||| BlsI|||| || || ||
HpaII || || || ||||||||| BisI||||| || || ||
BsrFI| || || || ||||||||| Fnu4HI||||| || || ||
BsiEI || || || || ||||||||| GluI||||| || || ||
CviKI-1| || || || ||StyD4I|||||||| BsgI HpyCH4V|||||| || || ||
HaeIII| || || || ||NlaIV|||||||||BslI| TseI|||||| || || ||
|| || || || || |||||||||| || ||||||| || || ||
GCCGACCGGCCCAACGTGCAGGAGCCGGGCCGCGTGGAGGCGTTGCAGCAGCCCTACGTG
1141 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1200
CGGCTGGCCGGGTTGCACGTCCTCGGCCCGGCGCACCTCCGCAACGTCGTCGGGATGCAC
a A D R P N V Q E P G R V E A L Q Q P Y V -
b P T G P T C R S R A A W R R C S S P T W -
c R P A Q R A G A G P R G G V A A A L R G -
HhaI
GlaI|
HinP1I||
BlsI|||
SetI|||
BisI||||
Fnu4HI||||
GluI||||
AluI|||||
CviKI-1|||||
MspA1I|||||
PvuII|||||
TseI|||||
MwoI ||||||
BmgT120I | ||||||
AvaII| | ||||||
Sau96I| | ||||||
TauI || | ||||||
BlsI| || | ||||||
AciI|| || | ||||||
BisI|| || | ||||||
BlsI Fnu4HI|| || | |||||| CviAII
BisI| GluI|| || | |||||| FatI|
Fnu4HI| CviKI-1||| || | |||||| HhaI|
GluI| Hpy188III |||| || | |||||| GlaI||
HaeII| HhaI | |||| || | |||||| BstUI|||
HhaI|| MnlI | |||| || | |||||| HinP1I|||
TseI|| GlaI| |HaeIII||| || | |||||| MwoI||||
GlaI||| BstUI|| | BbvI|||| || | |||||| AciI|||||
HinP1I|||| HinP1I|| |SfaNI|||| || | ||||||MwoI||||||
||||| ||| | ||||| || | |||||| |||||||
GAGGCGCTGCTGTCCTACACGCGCATCAAGAGGCCGCAGGACCAGCTGCGCTTCCCGCGC
1201 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1260
CTCCGCGACGACAGGATGTGCGCGTAGTTCTCCGGCGTCCTGGTCGACGCGAAGGGCGCG
a E A L L S Y T R I K R P Q D Q L R F P R -
b R R C C P T R A S R G R R T S C A S R A -
c G A A V L H A H Q E A A G P A A L P A H -
BbsI
Hpy188I
MboII
Bme1580I |
BsiHKAI |
Bsp1286I |
BspMI | |
Hpy166II | |
HpyCH4V | |
ApaLI | | |
BanII | | | |
BsiHKAI | | | |
Bsp1286I | | | |
SacI | | | |
SetI | | | |
AluI | | | | |
CviKI-1 | | | | |
EcoICRI | | | | |
MwoI | | | | | |
BlpI| | | | | | |
DdeI| | | | | | |
Cac8I || | | | | | |
HphI| || | | | | | |
HhaI|| || | | | | | |
FspI||| || | | | | | |
GlaI||| || | | | | | |
HinP1I|||| || | | | | | |
BspCNI||||| || | | | | | |
BseMII|||||| || | | | | | |
Cac8I|||||| || | | | | | |
TspDTI|||||| || | | | | | |
CviKI-1 ||||||| || | | | | | |
SetI | ||||||| || | | | | | |
AluI | | ||||||| || | | | | | |
CviKI-1 | | ||||||| || | | | | | |
MwoI | | | ||||||| || | | | | | |
NlaIII | | | ||||||| || | | | | | |
CviAII | | | | ||||||| || | | | | | |
Hpy188III | | | | ||||||| || | | | | | |
BspHI| | | | | ||||||| || | | | | | |
FatI| | | | | ||||||| || | | | | | |
MslI|| | | | | ||||||| || | | | | | |
NlaIII||| | | | | ||||||| || | | | | | |
NspI||| | | | | ||||||| || | | | | | | SetI
SphI||| | | | | ||||||| || | | | | | | BpmI|
FauI|||| | | | | ||||||| || | | | | | |Eco57MI|
Cac8I||||| | | | | ||||||| || | | | | |MwoI ||
|||||| | | | | ||||||| || | | | | | | ||
ATGCTCATGAAGCTGGTGAGCCTGCGCACGCTGAGCTCTGTGCACTCGGAGCAGGTCTTC
1261 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1320
TACGAGTACTTCGACCACTCGGACGCGTGCGACTCGAGACACGTGAGCCTCGTCCAGAAG
a M L M K L V S L R T L S S V H S E Q V F -
b C S * S W * A C A R * A L C T R S R S S -
c A H E A G E P A H A E L C A L G A G L R -
MwoI
TauI | BssSI
BstNI BlsI| | Hpy166II|
ScrFI AciI|| | AatII||
BbvI | BisI|| | SetI||
PfoI | Fnu4HI|| | TaiI||
PspGI | GluI|| | ZraI |||
StyD4I | BlsI ||| | BsaHI| |||
NlaIV| | SetI ||| | HpyCH4IV| |||
CviKI-1|| | BisI| ||| | BstKTI || |||
TauI|| | Fnu4HI| ||| | DpnI| || |||
BlsI||| | GluI| ||| | BglII || || |||
BisI|||| | AluI|| ||| | BstYI || || |||
Fnu4HI|||| | CviKI-1|| ||| | MboI || || |||
GluI|||| | TseI|| ||| | Hpy188I | || || |||
AciI||||| | MmeI ||| ||| | MnlI| | || || |||
|||||| | | ||| ||| | || | || || |||
GCCTTGCGGCTCCAGGACAAGAAGCTGCCGCCTCTGCTGTCGGAGATCTGGGACGTCCAC
1321 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1380
CGGAACGCCGAGGTCCTGTTCTTCGACGGCGGAGACGACAGCCTCTAGACCCTGCAGGTG
a A L R L Q D K K L P P L L S E I W D V H -
b P C G S R T R S C R L C C R R S G T S T -
c L A A P G Q E A A A S A V G D L G R P R -
BsmFI
|
GAGTGA
1381 ------ 1386
CTCACT
a E * -
b S -
c V -
Enzymes that do cut:
AarI AatII AciI AcuI AhdI AlfI AloI AluI
AlwI AlwNI
gi|134133319:277-1662 Homo sapiens nuclear receptor subfamily 1, group H, member
2 (NR1H2), mRNA
With 270 enzymes: *
June 29, 2010 22:31 ..
CviKI-1
PspGI
StyD4I
BbvCI |
BstNI Bpu10I |
ScrFI NlaIV | |
BsaJI | BstNI BmgT120I| | |
PspGI | ScrFI CviKI-1| | |
StyD4I | BslI| HaeIII| | |
BssSI BciVI | | PspGI|| Sau96I|| | |
MnlI XcmI | | StyD4I|| BslI ||| DdeI |
| | | | ||| | ||| | |
ATGTCCTCTCCTACCACGAGTTCCCTGGATACCCCCCTGCCTGGAAATGGCCCCCCTCAG
1 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 60
TACAGGAGAGGATGGTGCTCAAGGGACCTATGGGGGGACGGACCTTTACCGGGGGGAGTC
a M S S P T T S S L D T P L P G N G P P Q -
b C P L L P R V P W I P P C L E M A P L S -
c V L S Y H E F P G Y P P A W K W P P S A -
NciI
ScrFI
SmaI
BmeT110I|
BsaJI|
HpaII|
NciI|
ScrFI|
AvaI||
BsaJI||
BslI||
StyD4I||
XmaI||
BmgT120I|||
CviKI-1|||
HaeIII|||
StyD4I|||
HphI Sau96I||||
BseMII| BsaJI |||||
BspCNI|| BseRI |||||
BbeI||| BtgI |||||
HaeII||| CviKI-1| |||||
MboII||| NlaIV|| |||||
HhaI|||| HpaII ||| |||||
GlaI||||| Hpy188III ||| |||||
NlaIV||||| BsaWI| ||| |||||
SfoI||||| BspEI| ||| |||||
BsaHI|||||| BmgT120I|| ||| |||||
HinP1I|||||| NlaIV|| ||| |||||
MboII|||||| AvaII||| ||| |||||
MnlI|||||| Sau96I||| ||| |||||
NarI|||||| TaqII |||| ||| |||||
BanI||||||| BceAI | |||| ||| |||||
KasI||||||| MnlI | | |||| ||| |||||
BstNI |||||||| TspRI | | |||| ||| |||||
ScrFI |||||||| HpyCH4III | | | |||| ||| |||||
BslI| |||||||| HpyAV MnlI | | | |||| ||| |||||
|| |||||||| | | | | | |||| ||| |||||
CCTGGCGCCCCTTCTTCTTCACCCACTGTAAAGGAGGAGGGTCCGGAGCCGTGGCCCGGG
61 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 120
GGACCGCGGGGAAGAAGAAGTGGGTGACATTTCCTCCTCCCAGGCCTCGGCACCGGGCCC
a P G A P S S S P T V K E E G P E P W P G -
b L A P L L L H P L * R R R V R S R G P G -
c W R P F F F T H C K G G G S G A V A R G -
BbvI
Tth111I|
BplI ||
BseMII| ||
BspCNI|| ||
BlsI ||| ||
FokI ||| ||
PstI ||| ||
BisI| ||| ||
Fnu4HI| ||| ||
GluI| ||| ||
HpyCH4V|| ||| ||
TseI|| ||| ||
Cac8I ||| ||| ||
NlaIV SfcI ||| ||| ||
BmgT120I| MwoI| ||| ||| ||
AvaII|| CviKI-1|| ||| ||| ||
Sau96I|| MwoI ||| ||| ||| ||
HpaII ||| SetI ||| ||| ||| ||
Hpy188III ||| BlpI| ||| ||| ||| ||
BsaWI| ||| DdeI| ||| ||| ||| ||
BspEI| ||| BstNI AluI|| ||| ||| ||| ||
BmgT120I|| ||| ScrFI CviKI-1|| ||| ||| ||| ||
NlaIV|| ||| BsaJI | Cac8I ||| ||| ||| ||| ||
AvaII||| ||| PspGI | CviKI-1 | ||| ||| ||| ||| ||
BsmFI||| ||| StyD4I |AlwNI HaeIII | ||| ||| ||| ||| ||
Sau96I||| ||| DrdI | |MnlI|TspRI | | ||| ||| ||| ||| ||
|||| ||| | | | || | | | ||| ||| ||| ||| ||
GGTCCGGACCCTGATGTCCCAGGCACTGATGAGGCCAGCTCAGCCTGCAGCACAGACTGG
121 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 180
CCAGGCCTGGGACTACAGGGTCCGTGACTACTCCGGTCGAGTCGGACGTCGTGTCTGACC
a G P D P D V P G T D E A S S A C S T D W -
b V R T L M S Q A L M R P A Q P A A Q T G -
c S G P * C P R H * * G Q L S L Q H R L G -
CviKI-1
GsaI
SfaNI |
ApaI| |
BanII| |
Bme1580I| |
Hpy188III Bsp1286I| |
BstKTI| BseYI|| |
MnlI| BmgT120I||| |
DpnI|| CviKI-1||| |
EarI|| HpyAV HaeIII||| |
BstYI ||| Cac8I | NlaIV||| |
MboI ||| HhaI | | BmgT120I|||| |
BmrI | ||| GlaI| | | Sau96I|||| |
AlwI | | ||| HinP1I|| | | EcoO109I||||| |
BtsCI | | | ||| MboII ||| | | PspOMI||||| |
BsrI| | | | ||| NlaIV | ||| | | Sau96I||||| | CspCI
|| | | | ||| | | ||| | | |||||| | |
GTCATCCCAGATCCCGAAGAGGAACCAGAGCGCAAGCGAAAGAAGGGCCCAGCCCCGAAG
181 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 240
CAGTAGGGTCTAGGGCTTCTCCTTGGTCTCGCGTTCGCTTTCTTCCCGGGTCGGGGCTTC
a V I P D P E E E P E R K R K K G P A P K -
b S S Q I P K R N Q S A S E R R A Q P R R -
c H P R S R R G T R A Q A K E G P S P E D -
SetI
AluI |
CviKI-1 |
BssSI | |
MboII| | |
CviKI-1|| | |
HaeIII|| | | CviKI-1
BmgT120I||| | | BsmFI| HpyCH4IV
GsaI||| | | HpaII || Hin4I |
Sau96I|||| | | CviKI-1 | || BbvI | |
BceAI||||| | | BsaXI HaeIII | || BsaXI | |
BseYI |||||| | | Hin4I CspCI StuI | ||MnlI | | |
| |||||| | | | | | | || | | | |
ATGCTGGGCCACGAGCTTTGCCGTGTCTGTGGGGACAAGGCCTCCGGCTTCCACTACAAC
241 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 300
TACGACCCGGTGCTCGAAACGGCACAGACACCCCTGTTCCGGAGGCCGAAGGTGATGTTG
a M L G H E L C R V C G D K A S G F H Y N -
b C W A T S F A V S V G T R P P A S T T T -
c A G P R A L P C L W G Q G L R L P L Q R -
BlsI
SetI
BisI|
Fnu4HI|
GluI| CviKI-1
AluI|| MwoI |
CviKI-1|| MboII | |
MspA1I|| HpyCH4V| | |
PvuII|| BlsI|| | | BstNI
TseI|| BisI||| | | ScrFI
HpyAV||| BseMII||| | | BsaJI CviKI-1 |
BsiHKAI |||| Fnu4HI||| | | BtgI HaeIII |
Bsp1286I |||| GluI||| | | BmgT120I | PspGI |
BbvI| |||| BspCNI|||| | | HhaI AvaII| | StyD4I |
BlpI| ||||CviKI-1|||| | | GlaI| BtsI| | BmgT120I| |
DdeI| |||| MwoI|||| | | TspGWI| FalI| | NlaIV| |
SetI || |||| TseI|||| | | HinP1I|| Sau96I| | Sau96I|| |
TaiI || ||||MwoI ||||| | | HpaII ||| TspRI| | BslI ||| |
| || |||| | ||||| | | | ||| || | | ||| |
GTGCTCAGCTGCGAAGGCTGCAAGGGCTTCTTCCGGCGCAGTGTGGTCCGTGGTGGGGCC
301 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 360
CACGAGTCGACGCTTCCGACGTTCCCGAAGAAGGCCGCGTCACACCAGGCACCACCCCGG
a V L S C E G C K G F F R R S V V R G G A -
b C S A A K A A R A S S G A V W S V V G P -
c A Q L R R L Q G L L P A Q C G P W W G Q -
HhaI
GlaI|
HinP1I||
EciI TauI||
BspMI| BlsI|||
TspDTI|| BisI||||
NciI SetI ||| Fnu4HI||||
ScrFI BccI| ||| GluI||||
BsaJI| MwoI|| ||| AciI|||||
HaeII HpaII| NlaIV ||| ||| NlaIII|||||
HhaI| StyD4I|| AciI | ||| ||| HgaI ||||||
GlaI|| Cac8I |||BglI | | ||| ||| CviAII| ||||||
HinP1I||| MwoI| |||MwoI | | ||| ||| FatI|| ||||||
|||| || ||| | | | ||| ||| ||| ||||||
AGGCGCTATGCCTGCCGGGGTGGCGGAACCTGCCAGATGGACGCTTTCATGCGGCGCAAG
361 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 420
TCCGCGATACGGACGGCCCCACCGCCTTGGACGGTCTACCTGCGAAAGTACGCCGCGTTC
a R R Y A C R G G G T C Q M D A F M R R K -
b G A M P A G V A E P A R W T L S C G A S -
c A L C L P G W R N L P D G R F H A A Q V -
HpyCH4V
HhaI |
FspI| |
GlaI| |
HinP1I|| |
BlsI||| |
MwoI||| |
BisI|||| |
Fnu4HI|||| |
GluI|||| |
CviKI-1||||| |
TseI||||| |
BtsI |||||| |
Cac8I |||||| |
NaeI |||||| |
TspRI |||||| |
HpaII| |||||| |
MwoI| |||||| |
BsrFI|| |||||| | BtsI
Cac8I NgoMIV|| |||||| | BtsCI TspRI
BbvI |MwoI ||| ||||||MnlI | MnlI HgaI | FokI |
| | | ||| |||||| | | | | | | |
TGCCAGCAGTGCCGGCTGCGCAAGTGCAAGGAGGCAGGGATGAGGGAGCAGTGCGTCCTT
421 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 480
ACGGTCGTCACGGCCGACGCGTTCACGTTCCTCCGTCCCTACTCCCTCGTCACGCAGGAA
a C Q Q C R L R K C K E A G M R E Q C V L -
b A S S A G C A S A R R Q G * G S S A S F -
c P A V P A A Q V Q G G R D E G A V R P F -
BlsI
BisI|
Fnu4HI|
GluI|
TseI||
MboII BsaXI |||
HpaII| Hin4I |||
Hpy188III| MboII | ||| MlyI
BsaWI|| MboII | | ||| PleI|
BspEI|| Hpy188I| | | ||| HpyCH4III||
BstKTI|| MboII || | | ||| MaeIII||
DpnI||| HinfI | || | | ||| Tsp45I||
BstYI |||| TfiI | || | | |||MaeIII |||
AlwI | |||| AcuI | | || | | |||Tsp45I |||
Hpy188I | MboI ||||Eco57MI | | || | | |||HinfI|BbvI |||
| | | |||| | | | || | | ||| || | |||
TCTGAAGAACAGATCCGGAAGAAGAAGATTCGGAAACAACAGCAGCAGGAGTCACAGTCA
481 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 540
AGACTTCTTGTCTAGGCCTTCTTCTTCTAAGCCTTTGTTGTCGTCGTCCTCAGTGTCAGT
a S E E Q I R K K K I R K Q Q Q Q E S Q S -
b L K N R S G R R R F G N N S S R S H S H -
c * R T D P E E E D S E T T A A G V T V T -
CviKI-1
MnlI |
BseMII| |
BstNI| |
ScrFI| |
BsaJI|| |
BspCNI|| |
CviKI-1||| |
HaeIII||| |
PspGI||| |
StyD4I||| |
BmgT120I|||| |
Sau96I||||| |
BbvI |||||| |
AlwNI| |||||| |
BbvI || |||||| |
CviKI-1| || |||||| |
BbvI || || |||||| |
SetI| || || |||||| |
BlpI|| || || |||||| |
DdeI|| || || |||||| |
TauI AluI||| || || |||||| |
BlsI| CviKI-1||| || || |||||| |
AciI|| BlsI|||| || || |||||| |
BisI|| BisI||||| || || |||||| |
Fnu4HI|| Fnu4HI||||| || || |||||| |
GluI|| GluI||||| || || |||||| |
CviKI-1||| MwoI|||||| || || |||||| |
HaeIII||| TseI|||||| || || |||||| |
BmgT120I|||| BlsI||||||| || || |||||| |
NlaIV|||| BisI|||||||| || || |||||| |
Sau96I||||| Fnu4HI|||||||| || || |||||| |
SetI |||||| GluI|||||||| || || |||||| |
Hin4I | |||||| TseI||||||||| || || |||||| |
BsaXI | | |||||| BlsI|||||||||| || || |||||| |
MaeIII | | | |||||| BisI||||||||||| || || |||||| |
Tsp45I | | | ||||||Fnu4HI||||||||||| || || |||||| |
HphI | | | | |||||| GluI||||||||||| || || |||||| |
HpyCH4III | | | | |||||| TseI|||||||||||| || || |||||| |
| | | | | |||||| ||||||||||||| || || |||||| |
CAGTCGCAGTCACCTGTGGGGCCGCAGGGCAGCAGCAGCTCAGCCTCTGGGCCTGGGGCT
541 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 600
GTCAGCGTCAGTGGACACCCCGGCGTCCCGTCGTCGTCGAGTCGGAGACCCGGACCCCGA
a Q S Q S P V G P Q G S S S S A S G P G A -
b S R S H L W G R R A A A A Q P L G L G L -
c V A V T C G A A G Q Q Q L S L W A W G F -
MnlI
NciI |
ScrFI |
BbvI| |
BsaJI| |
HpaII| |
BanII|| |
Bsp1286I|| |
HpyAV|| |
StyD4I|| |
NlaIV||| |
CviKI-1|||| |
MwoI ||||| |
BstNI| ||||| |
ScrFI| ||||| |
BsaJI|| ||||| |
CviKI-1||| ||||| |
PspGI||| ||||| |
StyD4I||| ||||| |
BlsI|||| ||||| |
BisI||||| ||||| |
Fnu4HI||||| ||||| |
GluI||||| ||||| |
TseI|||||| ||||| |
Cac8I ||||||| ||||| |
AlwI | ||||||| ||||| |
Hpy188I | | ||||||| ||||| |
DdeI| | | ||||||| ||||| |
BstKTI|| | | ||||||| ||||| |
DpnI||| | | ||||||| ||||| |
BstYI |||| | | ||||||| ||||| |
MboI |||| | | ||||||| ||||| |
MnlI| |||| | | ||||||| ||||| |
BspCNI || |||| | | ||||||| ||||| |
BseMII| || |||| | | ||||||| ||||| |
BstNI| || |||| | | ||||||| ||||| |
ScrFI| || |||| | | ||||||| ||||| | SetI
BsaJI || || |||| | | ||||||| ||||| | AluI |
PspGI || || |||| | | ||||||| ||||| | CviKI-1 |
StyD4I || || |||| | | ||||||| ||||| | BpuEI | |
| || || |||| | | ||||||| ||||| | | | |
TCCCCTGGTGGATCTGAGGCAGGCAGCCAGGGCTCCGGGGAAGGCGAGGGTGTCCAGCTA
601 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 660
AGGGGACCACCTAGACTCCGTCCGTCGGTCCCGAGGCCCCTTCCGCTCCCACAGGTCGAT
a S P G G S E A G S Q G S G E G E G V Q L -
b P L V D L R Q A A R A P G K A R V S S * -
c P W W I * G R Q P G L R G R R G C P A N -
Hpy188III BmgT120I
SmlI | CviKI-1
CviKI-1| | HaeIII
TauI| | TauI
BlsI|| | BlsI| BtsI
AloI||| | Sau96I| TspRI
BisI||| | BisI|| HpyCH4V |
Fnu4HI||| | Fnu4HI|| PstI | |
GluI||| | BstKTI GluI|| HpyCH4V | | |
AciI|||| | DpnI| BslI AciI||| BsaXI | | | |
MspA1I|||| | AlwI MboI || PflMI AloI||| SfcI | | | |MwoI
||||| | | | || | |||| | | | | | |
ACAGCGGCTCAAGAACTAATGATCCAGCAGTTGGTGGCGGCCCAACTGCAGTGCAACAAA
661 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 720
TGTCGCCGAGTTCTTGATTACTAGGTCGTCAACCACCGCCGGGTTGACGTCACGTTGTTT
a T A A Q E L M I Q Q L V A A Q L Q C N K -
b Q R L K N * * S S S W W R P N C S A T N -
c S G S R T N D P A V G G G P T A V Q Q T -
BmrI
HhaI |
GlaI| |
HinP1I|| |
BsmFI ||| |
BstNI | ||| |
Hin4I | ||| |
ScrFI | ||| |
BsaJI| | ||| |
PasI| | ||| |
BsaJI|| | ||| |
PspGI|| | ||| |
StyD4I|| | ||| |
NlaIV||| | ||| |
BmgT120I|||| | ||| |
CviKI-1|||| | ||| |
HaeIII|||| | ||| |
MmeI||||| | ||| |
Sau96I||||| | ||| | BmeT110I
BstNI |||||| | ||| | AvaI|
CviKI-1 ScrFI |||||| | ||| | Hpy188III|
BsaXI | BsaJI | |||||| | ||| | AhdI ||
HpyAV| |MaeIII PspGI | |||||| | ||| | BsrI ||
Hpy188I || |Tsp45I StyD4I | |||||| | ||| | SfaNI ||
| || | | | | |||||| | ||| | | ||
CGCTCCTTCTCCGACCAGCCCAAAGTCACGCCCTGGCCCCTGGGCGCAGACCCCCAGTCC
721 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 780
GCGAGGAAGAGGCTGGTCGGGTTTCAGTGCGGGACCGGGGACCCGCGTCTGGGGGTCAGG
a R S F S D Q P K V T P W P L G A D P Q S -
b A P S P T S P K S R P G P W A Q T P S P -
c L L L R P A Q S H A L A P G R R P P V P -
CviKI-1
HaeIII BstNI
MscI ScrFI
MwoI Cac8I | PfoI |
FauI| EaeI | PspGI |
Cac8I || SetI | StyD4I |
Hin4I| || AluI | | BccI | |
AciI || || CviKI-1 | | DdeI| | |
Cac8I || || BslI AlfI| | |TspGWI || | |
| || || | || | | | || | |
CGAGATGCCCGCCAGCAACGCTTTGCCCACTTCACGGAGCTGGCCATCATCTCAGTCCAG
781 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 840
GCTCTACGGGCGGTCGTTGCGAAACGGGTGAAGTGCCTCGACCGGTAGTAGAGTCAGGTC
a R D A R Q Q R F A H F T E L A I I S V Q -
b E M P A S N A L P T S R S W P S S Q S R -
c R C P P A T L C P L H G A G H H L S P G -
BmgT120I
AvaII|
Sau96I|
BbvI ||
NciI | ||
ScrFI | ||
HpaII| | ||
CviKI-1|| | ||
HaeIII|| | ||
StyD4I|| | ||
BmgT120I||| | ||
GsaI||| | ||
MnlI|||| | ||
Sau96I|||| | ||
SetI||||| | ||
AluI |||||| | ||
BseYI |||||| | ||
BslI |||||| | ||
CviKI-1 |||||| | ||
MspA1I |||||| | ||
PvuII |||||| | ||
BlsI| |||||| | ||
PstI| |||||| | ||
Hpy166II BisI|| |||||| | ||
BseMII | Fnu4HI|| |||||| | ||
BstKTI | BstNI GluI|| |||||| | ||
BspCNI| | ScrFI HpyCH4V||| |||||| | ||
DpnI| | BlpI PspGI | TseI||| |||||| | ||
MboI || | DdeI StyD4I | SfcI |||| |||||| | ||MboI
| || | | | | | |||| |||||| | || |
GAGATCGTGGACTTCGCTAAGCAAGTGCCTGGTTTCCTGCAGCTGGGCCGGGAGGACCAG
841 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 900
CTCTAGCACCTGAAGCGATTCGTTCACGGACCAAAGGACGTCGACCCGGCCCTCCTGGTC
a E I V D F A K Q V P G F L Q L G R E D Q -
b R S W T S L S K C L V S C S W A G R T R -
c D R G L R * A S A W F P A A G P G G P D -
BfaI
BlsI |
BisI| |
BsmAI| |
Fnu4HI| |
GluI| |
NlaIII|| |
TseI|| |
CviAII ||| |
BstKTI| ||| |
FatI| ||| | HaeII
BtsCI AcuI|| ||| | HhaI|
BslI | DpnI|| ||| | GlaI||
EcoNI | | Eco57MI|| ||| | HinP1I|||
Hpy188III| | | MboI ||| ||| | BstNI ||||
HpyAV || | | Hpy188III | ||| ||| | ScrFI ||||
FokI | || | | TaqI| | ||| ||| | CviKI-1 | ||||
BstKTI| | || | | SfaNI|| | ||| ||| | PspGI | ||||
DpnI|| | || |MnlI BbvI ||| | ||| ||| | StyD4I | ||||
||| | || | | | ||| | ||| ||| | | | ||||
ATCGCCCTCCTGAAGGCATCCACTATCGAGATCATGCTGCTAGAGACAGCCAGGCGCTAC
901 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 960
TAGCGGGAGGACTTCCGTAGGTGATAGCTCTAGTACGACGATCTCTGTCGGTCCGCGATG
a I A L L K A S T I E I M L L E T A R R Y -
b S P S * R H P L S R S C C * R Q P G A T -
c R P P E G I H Y R D H A A R D S Q A L Q -
XmnI
HpyAV|
HphI ||
Hpy188III | ||
BssSI SetI | | || SetI
BsmAI | HphI HpyAV| | | || SfcI| BdaI
| | | || | | || || |
AACCACGAGACAGAGTGTATCACCTTCTTGAAGGACTTCACCTACAGCAAGGACGACTTC
961 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1020
TTGGTGCTCTGTCTCACATAGTGGAAGAACTTCCTGAAGTGGATGTCGTTCCTGCTGAAG
a N H E T E C I T F L K D F T Y S K D D F -
b T T R Q S V S P S * R T S P T A R T T S -
c P R D R V Y H L L E G L H L Q Q G R L P -
SetI
BslI |
PstI| |
SbfI| |
HpyCH4V || |
TspDTI || | AciI
Cac8I | || | NlaIII
SfcI | || | CviAII |
FalI| | || | MwoI |
CviKI-1|| | || | FatI| |
HaeIII|| | || | CviKI-1|| |
StuI|| | || | HaeIII|| |
Cac8I ||| | || | BmgT120I||| |
HpyCH4V | ||| | || | Cac8I|||| |
AarI| | ||| | || | FauI Sau96I|||| |
BspMI| | ||| | || | MboII BccI| AciI ||||| |
HpyCH4III || | ||| | || | BsgI | TaqI || BstUI ||||| |
| || | ||| | || | | | | || | ||||| |
CACCGTGCAGGCCTGCAGGTGGAGTTCATCAACCCCATCTTCGAGTTCTCGCGGGCCATG
1021 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1080
GTGGCACGTCCGGACGTCCACCTCAAGTAGTTGGGGTAGAAGCTCAAGAGCGCCCGGTAC
a H R A G L Q V E F I N P I F E F S R A M -
b T V Q A C R W S S S T P S S S S R G P C -
c P C R P A G G V H Q P H L R V L A G H A -
BspCNI
BseMII|
BstNI||
ScrFI||
CviKI-1 |||
HaeIII |||
PspGI |||
StyD4I |||
BmgT120I| |||
GsaI| |||
Sau96I|| |||
BseYI ||| |||
CviKI-1 ||| |||
TauI ||| |||
BlsI| ||| |||
BisI|| ||| |||
Fnu4HI|| ||| |||
GluI|| ||| |||
AciI||| ||| |||
TauI||| ||| ||| HgaI
XcmI||| ||| ||| MwoI
BlsI|||| ||| ||| RsaI
BslI|||| ||| ||| CviQI|
BisI||||| ||| ||| BtgZI ||
Fnu4HI||||| ||| ||| DdeI| || EaeI
GluI||||| ||| ||| Hpy99I|| || NmeAIII MboII BccI EagI
|||||| ||| ||| ||| || | | | |
CGGCGGCTGGGCCTGGACGACGCTGAGTACGCCCTGCTCATCGCCATCAACATCTTCTCG
1081 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1140
GCCGCCGACCCGGACCTGCTGCGACTCATGCGGGACGAGTAGCGGTAGTTGTAGAAGAGC
a R R L G L D D A E Y A L L I A I N I F S -
b G G W A W T T L S T P C S S P S T S S R -
c A A G P G R R * V R P A H R H Q H L L G -
BstUI
TauI
BlsI|
AciI||
BisI||
Fnu4HI||
GluI||
MnlI||
CviKI-1|||
HaeIII|||
BmgT120I||||
Sau96I||||| BbvI
NciI|||||| SetI|
ScrFI|||||| TaiI|
HpaII||||||| BbvI ||
CviKI-1|||||||| BsaAI ||
HpyCH4V ||||||||| HpyCH4IV| ||
SetI| ||||||||| MnlI || ||
TaiI| ||||||||| BbvI| || ||
MwoI || ||||||||| CviKI-1 || || ||
HpyCH4IV| || ||||||||| BlsI| || || ||
BmgT120I || || ||||||||| BisI|| || || ||
CviKI-1 || || ||||||||| Fnu4HI|| || || ||
HaeIII || || ||||||||| GluI|| || || ||
Sau96I| || || ||||||||| TseI||| || || ||
BsiEI || || || ||||||||| BlsI|||| || || ||
HpaII || || || ||||||||| BisI||||| || || ||
BsrFI| || || || ||||||||| Fnu4HI||||| || || ||
BsiEI || || || || ||||||||| GluI||||| || || ||
CviKI-1| || || || ||StyD4I|||||||| BsgI HpyCH4V|||||| || || ||
HaeIII| || || || ||NlaIV|||||||||BslI| TseI|||||| || || ||
|| || || || || |||||||||| || ||||||| || || ||
GCCGACCGGCCCAACGTGCAGGAGCCGGGCCGCGTGGAGGCGTTGCAGCAGCCCTACGTG
1141 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1200
CGGCTGGCCGGGTTGCACGTCCTCGGCCCGGCGCACCTCCGCAACGTCGTCGGGATGCAC
a A D R P N V Q E P G R V E A L Q Q P Y V -
b P T G P T C R S R A A W R R C S S P T W -
c R P A Q R A G A G P R G G V A A A L R G -
HhaI
GlaI|
HinP1I||
BlsI|||
SetI|||
BisI||||
Fnu4HI||||
GluI||||
AluI|||||
CviKI-1|||||
MspA1I|||||
PvuII|||||
TseI|||||
MwoI ||||||
BmgT120I | ||||||
AvaII| | ||||||
Sau96I| | ||||||
TauI || | ||||||
BlsI| || | ||||||
AciI|| || | ||||||
BisI|| || | ||||||
BlsI Fnu4HI|| || | |||||| CviAII
BisI| GluI|| || | |||||| FatI|
Fnu4HI| CviKI-1||| || | |||||| HhaI|
GluI| Hpy188III |||| || | |||||| GlaI||
HaeII| HhaI | |||| || | |||||| BstUI|||
HhaI|| MnlI | |||| || | |||||| HinP1I|||
TseI|| GlaI| |HaeIII||| || | |||||| MwoI||||
GlaI||| BstUI|| | BbvI|||| || | |||||| AciI|||||
HinP1I|||| HinP1I|| |SfaNI|||| || | ||||||MwoI||||||
||||| ||| | ||||| || | |||||| |||||||
GAGGCGCTGCTGTCCTACACGCGCATCAAGAGGCCGCAGGACCAGCTGCGCTTCCCGCGC
1201 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1260
CTCCGCGACGACAGGATGTGCGCGTAGTTCTCCGGCGTCCTGGTCGACGCGAAGGGCGCG
a E A L L S Y T R I K R P Q D Q L R F P R -
b R R C C P T R A S R G R R T S C A S R A -
c G A A V L H A H Q E A A G P A A L P A H -
BbsI
Hpy188I
MboII
Bme1580I |
BsiHKAI |
Bsp1286I |
BspMI | |
Hpy166II | |
HpyCH4V | |
ApaLI | | |
BanII | | | |
BsiHKAI | | | |
Bsp1286I | | | |
SacI | | | |
SetI | | | |
AluI | | | | |
CviKI-1 | | | | |
EcoICRI | | | | |
MwoI | | | | | |
BlpI| | | | | | |
DdeI| | | | | | |
Cac8I || | | | | | |
HphI| || | | | | | |
HhaI|| || | | | | | |
FspI||| || | | | | | |
GlaI||| || | | | | | |
HinP1I|||| || | | | | | |
BspCNI||||| || | | | | | |
BseMII|||||| || | | | | | |
Cac8I|||||| || | | | | | |
TspDTI|||||| || | | | | | |
CviKI-1 ||||||| || | | | | | |
SetI | ||||||| || | | | | | |
AluI | | ||||||| || | | | | | |
CviKI-1 | | ||||||| || | | | | | |
MwoI | | | ||||||| || | | | | | |
NlaIII | | | ||||||| || | | | | | |
CviAII | | | | ||||||| || | | | | | |
Hpy188III | | | | ||||||| || | | | | | |
BspHI| | | | | ||||||| || | | | | | |
FatI| | | | | ||||||| || | | | | | |
MslI|| | | | | ||||||| || | | | | | |
NlaIII||| | | | | ||||||| || | | | | | |
NspI||| | | | | ||||||| || | | | | | | SetI
SphI||| | | | | ||||||| || | | | | | | BpmI|
FauI|||| | | | | ||||||| || | | | | | |Eco57MI|
Cac8I||||| | | | | ||||||| || | | | | |MwoI ||
|||||| | | | | ||||||| || | | | | | | ||
ATGCTCATGAAGCTGGTGAGCCTGCGCACGCTGAGCTCTGTGCACTCGGAGCAGGTCTTC
1261 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1320
TACGAGTACTTCGACCACTCGGACGCGTGCGACTCGAGACACGTGAGCCTCGTCCAGAAG
a M L M K L V S L R T L S S V H S E Q V F -
b C S * S W * A C A R * A L C T R S R S S -
c A H E A G E P A H A E L C A L G A G L R -
MwoI
TauI | BssSI
BstNI BlsI| | Hpy166II|
ScrFI AciI|| | AatII||
BbvI | BisI|| | SetI||
PfoI | Fnu4HI|| | TaiI||
PspGI | GluI|| | ZraI |||
StyD4I | BlsI ||| | BsaHI| |||
NlaIV| | SetI ||| | HpyCH4IV| |||
CviKI-1|| | BisI| ||| | BstKTI || |||
TauI|| | Fnu4HI| ||| | DpnI| || |||
BlsI||| | GluI| ||| | BglII || || |||
BisI|||| | AluI|| ||| | BstYI || || |||
Fnu4HI|||| | CviKI-1|| ||| | MboI || || |||
GluI|||| | TseI|| ||| | Hpy188I | || || |||
AciI||||| | MmeI ||| ||| | MnlI| | || || |||
|||||| | | ||| ||| | || | || || |||
GCCTTGCGGCTCCAGGACAAGAAGCTGCCGCCTCTGCTGTCGGAGATCTGGGACGTCCAC
1321 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+ 1380
CGGAACGCCGAGGTCCTGTTCTTCGACGGCGGAGACGACAGCCTCTAGACCCTGCAGGTG
a A L R L Q D K K L P P L L S E I W D V H -
b P C G S R T R S C R L C C R R S G T S T -
c L A A P G Q E A A A S A V G D L G R P R -
BsmFI
|
GAGTGA
1381 ------ 1386
CTCACT
a E * -
b S -
c V -
Enzymes that do cut:
AarI AatII AciI AcuI AhdI AlfI AloI AluI
AlwI AlwNI
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